Untuk melaksanakan seluruh rangkaiaan program kerja organisasi, Organisasi Nahdlatul Wathan mempunyai Badan Otonom dan Lembaga. Badan Otonom adalah Organisasi yang ada di dalam Organisasi Nahdlatul Wathan yang mempunyai Anggaran Dasar dan Anggaran Rumah Tangga sendiri tetapi tidak boleh bertentangan dengan Anggaran Dasar dan Anggaran Rumah Tangga Nahdlatul Wathan. Sedangkan Lembaga, yaitu suatu suatu wadah yang ada di dalam Organisasi Nahdlatul Wathan tetapi tidak mempunyai Anggaran Dasar dan Anggaran Rumah Tangga sendiri. Lembaga dalam melaksanakan kegiatan berpatokan pada tata tertib, atau juklak, dan/atau juknis. Adapun Badan Otonom Nahdlatul Wathan adalah sebagai berikut:
- Nahdliyat Nahdlatul Wathan
Nahdliyat Nahdlatul Wathan adalah wadah berhimpunnya putri-putri Nahdlatul Wathan (sebelum menikah). Nahdliyat Nahdlatul Wathan bertujuan untuk membina putri Nahdlatul Wathan agar menjadi orang yang berguna bagi agama, nusa, bangsa dan Negara melalui Organisasi Nahdlatul Wathan.
- Muslimat Nahdlatul Wathan
Muslimat Nahdlatul Wathan adalah wadah berhimpunnya perempuan-perempuan Nahdlatul Wathan yang sudah berkeluarga. Tujuan didirikannya organisasi ini adalah untuk meningkatkan peranserta perempuan Nahdlatul Wathan dalam rangka menyiapkan kader-kader Nahdlatul Wathan, sekaligus berkiprah langsung dalam kegiatan-kegiatan organisasi.
- Ikatan Pelajar Nahdlatul Wathan (IPNW)
Ikatan Pelajar Nahdlatul Wathan yang disingkat IPNW adalah wadah berhimpunnya para pelajar Nahdlatul Wathan dari tingkat Madrasah Aliyah (SLTA). Pelajar Nahdlatul Wathan ini bukan saja yang sedang belajar pada sekolah-sekolah/madrasah-madrasah NW, tetapi juga yang sedang belajar pada sekolah/madrasah yang bukan NW. IPNW dapat diikuti oleh setiap pelajar Islam yang menyatakan diri sebagai anggota NW. IPNW bertujuan untuk membina pelajar Nahdlatul Wathan agar menjadi orang yang berilmu, berakhlaqul karimah, dan siap siaga menjadi penerus perjuangan Nahdlatul Wathan.
- Himpunan Mahasiswa Nahdlatul Wathan (HIMMAH NW)
Himpunan Mahasiswa Nahdlatul Wathan yang disingkat dengan HIMMAH NW merupakan wadah berhimpunnya para mahasiswa Nahdlatul Wathan, baik yang sedang belajar (kuliah) pada perguruan tinggi NW maupun di luar perguruan tinggi NW. Setiap mahasiswa Islam boleh menjadi anggota HIMMAH NW asalkan yang bersangkutan dengan ikhlas melaksanakan ajaran-ajaran Islam yang dikembangkan oleh Nahdlatul Wathan. HIMMAH NW bertujuan untuk membina kader-kader intelektual Nahdlatul Wathan yang berilmu tinggi dan berakhlaq mulia, dan siap mengamalkan ilmunya untuk kepentingan agama dan bangsa melalui wadah Organisasi Nahdlatul Wathan.
- Pemuda Nahdlatul Wathan
Pemuda Nahdlatul Wathan merupakan wadah berhimpunnya generasi muda Nahdlatul Wathan yang sudah berumur 17 tahun sampai 35 tahun walau apapun statusnya. Pemuda Nahdlatul Wathan bertujuan untuk membina generasi muda Nahdlatul Wathan agar menjadi kader-kader Nahdlatul Wathan yang militant dan siap pakai di mana dan kapan saja.
- Persatuan Guru Nahdlatul Wathan (PGNW)
Persatuan Guru Nahdlatul Wathan yang disingkat dengan PGNW merupakan wadah berhimpunnya warga Nahdlatul Wathan yang berprofesi sebagai guru. Baik yang mengajar pada sekolah/madrasah/perguruan tinggi Nahdlatul Wathan maupun di luar lembaga pendidikan Nahdlatul Wathan. Wadah ini bertujuan untuk membina dan meningkatkan profesionalisme para pendidik Nahdlatul Wathan.
- Ikatan Sarjana Nahdlatul Wathan (ISNW)
Ikatan Sarjana Nahdlatul Wathan yang disingkat dengan ISNW merupakan wadah berhimpunnya kader-kader Nahdlatul Wathan yang telah menyandang gelar Sarjana, baik S.1, S.2, maupun S.3.
Adapun Lembaga Nahdlatul Wathan, antara lain:
- Jama’ah Wirid Nahdlatul Wathan
Jama’ah Wirid Nahdlatul Wathan adalah suatu lembaga Nahdlatul Wathan yang mengkoordinir dan membina warga Nahdlatul Wathan yang mengamalkan wirid yang telah diijazahkan oleh Al-Maghfurulah Maulana Syaikh yang dilanjutkan oleh murid-murid beliau. Kegiatan wirid ini dalam Organisasi Nahdlatul Wathan biasanya dilakukan secara berjama’ah dan bisa dilakukan sendiri-sendiri.
- Lembaga Pendidikan Tahfidz Qur’an Nahdlatul Wathan
Jam’iyatul Qurro’ wal Huffaz Nahdlatul Wathan adalah lembaga yang secara khusus mengkoordinir dan membina para penghafal Al-Qur’an dari warga Nahdlatul Wathan.
- Badan Pengkajian, Penerangan dan Pengembangan Masyarakat Nahdlatul Wathan
Badan Pengkajian, Penerangan dan Pengembangan Masyarakat Nahdlatul Wathan yang disingkat BP-3 M NW merupakan lembaga penelitian, penerangan dan pengembangan masyarakat yang dimiliki oleh Organisasi Nadhlatul Wathan.
- Barisan Hizbullah Nahdlatul Wathan
Barisan Hizbullah Nahdlatul Wathan merupakan lembaga dalam Organisasi Nahdlatul Wathan yang bergerak dalam bidang keamanan dan ketertiban masyarakat serta merupakan benteng Nahdlatul Wathan. Lembaga ini didirikan pada tanggal 6 Syawal 1420 H./13 Januari 2000 M. di Kalijaga dan dideklarasikan secara besar-besaran pada tanggal 26 Juni 2000 di Lapangan Umum Aikmel, Lombok Timur, NTB.